Cuando en 1808 se tuvo noticia en Nueva España de la invasión napoleónica a la Península Ibérica y de las abdicaciones al trono español de Carlos IV y Fernando VII, el Ayuntamiento de la ciudad de México recordó la Real Cédula por la cual Nueva España se había unido a la Corona de Castilla, y la promesa de Carlos V de nunca enajenarla o cederla a nación o persona alguna. Según los miembros del Ayuntamiento, eran inválidas las abdicaciones reales y la cesión del trono a favor de José Bonaparte. De 1809 en adelante se estableció por todo el territorio novohispano, particularmente en El Bajío, una red de juntas secretas, que conspiraron para lograr la autonomía y, más tarde, la independencia de Nueva España. La guerra emancipadora se puede dividir en cuatro grandes periodos: el de mayor extensión geográfica insurgente, con las tropas de Hidalgo (1810-1811); el de mayor intensidad, con Ignacio López Rayón, José María Morelos y otros jefes (1811-1815); el de decadencia y fragmentación, con jefes como Guadalupe Victoria, Manuel Mier y Terán, Xavier Mina y sus compañeros (1815-1819), y el de consumación, con la unión de insurgentes y realistas en el Ejército Trigarante (o de las Tres Garantías, el primer ejército nacional) encabezado por Agustín de Iturbide y Vicente Guerrero, y con la adhesión del pueblo al Plan de Iguala y a los Tratados de Córdoba (1821).
1. «De alta lealtad»
Entre los grupos políticos que conspiraban destacó la Junta Secreta de San Miguel el Grande, organizada en 1809 por Ignacio de Allende, capitán del Regimiento Provincial de Dragones de la Reina, contra el gobierno virreinal y el napoleónico en España. La Junta estaba compuesta por más de 45 miembros, uno de los cuales, Felipe González, propuso invitar a un sacerdote a «dar la voz», es decir, a aparecer como cabeza de los insurrectos para evitar ser acusados de afrancesados y antirreligiosos. Allende sugirió invitar a Miguel Hidalgo y Costilla, cura de la parroquia de Dolores, poblado cercano a San Miguel, «por el concepto de sabio [y] el contar con buenas relaciones en Guanajuato y Valladolid». El objetivo de los conjurados fue crear un gobierno autónomo encabezado por criollos, o sea, por «españoles americanos», reunidos en una Junta o Congreso que ejerciera el poder a nombre de Fernando VII. Al preguntársele a Allende en 1811 si aceptaba haber cometido delito de alta traición contra las legítimas autoridades, contestó que estimaba su conducta como de «alta lealtad», puesto que se habían levantado en armas en defensa de la religión y de Fernando VII, prisionero de los franceses.
2. El primer aliento emancipador
Con Hidalgo como cabeza visible, el 16 de septiembre de 1810 se inició el movimiento emancipador que se extendería por casi toda Nueva España. Poco a poco se conformó el ejército «insurgente», llamado así por las autoridades virreinales. De Dolores se dirigieron los insurrectos a San Miguel el Grande, después a Celaya y más tarde a Guanajuato, donde tuvo lugar, el 28 de septiembre, una gran matanza de peninsulares que ahuyentó a muchos partidarios de la independencia. El 17 de octubre de 1810 llegaron a Valladolid, donde José María Anzorena, intendente nombrado por Miguel Hidalgo, ordenó la abolición de la esclavitud. Hidalgo liberó a las castas del pago de tributos, y por orden suya se publicó en Guadalajara el primer periódico insurgente con el título de El Despertador Americano (1810-1811). En Puente de Calderón (16 de enero de 1811) los insurgentes se enfrentaron a las fuerzas de Félix María Calleja, quien los derrotó. Los jefes rebeldes se dirigieron al norte, donde fueron aprehendidos en Acatita de Baján. El padre Hidalgo fue objeto de dos procesos, uno militar y otro eclesiástico, y fue ejecutado el 30 de julio de 1811.
3. La guerra fraterna
La guerra de Independencia fue un conflicto civil que enfrentó a familias, amigos, vecinos, peones y amos, a comunidades religiosas y a todos los novohispanos entre sí. Por ejemplo, Josefa Ortiz de Domínguez tenía un hijo de 20 años que fue oficial realista en Querétaro; mientras estuvo presa, entre 1813 y 1817, escribió al virrey Félix María Calleja y le hizo evidente cómo dicho hijo se había portado «con la hombría de bien que corresponde». Leona Vicario se unió a la insurgencia no obstante ser sobrina del licenciado Agustín Pomposo Fernández, notable realista cuyo hijo murió como insurgente. La participación femenina e infantil se destacó también en la guerra de Independencia. Las mujeres actuaron con arrojo y valentía como conspiradoras, militantes activas y correos. Fueron acusadas de «seductoras de tropa», es decir, que persuadían a los soldados realistas a desertar, o bien de ser familiares de insurgentes o realistas. Los niños también formaron parte de las fuerzas combatientes, algunos desde los nueve o diez años. Varios de ellos llegarían más tarde a perfilarse como importantes figuras políticas en el México independiente, como el insurgente Juan Nepomuceno Almonte, hijo de Morelos; o los realistas Martín Carrera, Mariano Arista, Pedro María Anaya y Manuel Lombardini, quienes llegaron a ser presidentes de la República Mexicana.
4. El Siervo de la Nación
Según José Joaquín Fernández de Lizardi, José María Morelos fue el «alma de la insurrección armada». Con él se inició la etapa más constructiva de la insurgencia: sus campañas militares en Tierra Caliente constituyeron el más grave peligro para el gobierno virreinal. En 1813 pidió la independencia absoluta de América y la formación de un Congreso Nacional Americano. Quienes lo conocieron recordaban que era un jefe incansable, de innato talento militar, buen humor, gran sentido común y sensible a las necesidades populares. Él mismo, inspirado en sus lecturas del profeta Isaías y del Evangelio de San Marcos, se definió como Siervo de la Nación. Sus escritos lo revelan como un hombre sencillo y de gran visión política. Supo llevar con estoicismo la dirigencia del movimiento insurgente durante momentos difíciles, como el sitio de Cuautla, que duró más de 70 días. Logró reunir un Congreso en Chilpancingo (1813) y la promulgación de la Constitución de Apatzingán en 1814. Morelos fue aprehendido el 5 de noviembre de 1815, condenado a muerte y llevado a San Cristóbal Ecatepec para ser fusilado. Antes de morir pidió un crucifijo y dijo: «Señor, si he obrado bien, Tú lo sabes; y si mal, me acojo a Tu infinita misericordia».
5. «Con abrazos, y no a balazos»
Hacia 1815 la destrucción, las epidemias y la guerra civil habían desarticulado la economía y cubierto de luto Nueva España. El pueblo estaba cansado de la violencia. Las conspiraciones continuaban en cuarteles, cafés, conventos y en los hogares. La condesa viuda de Regla describió la situación así: «Aquí todo es desolación y muerte. No se piensa en medios pacíficos para concluir una guerra exterminadora. No se quieren persuadir de que esta guerra debe terminar con abrazos, y no a balazos». En Gran Bretaña, agentes de la insurgencia prepararon una expedición en apoyo de la independencia novohispana. La encabezó el famoso guerrillero navarro Xavier Mina, conocido como «El Estudiante». Aprovechando que la batalla de Waterloo (15 de junio de 1815) había dejado sin ocupación a miles de soldados de diversos ejércitos europeos, Mina llegó a Nueva España con unos trescientos oficiales voluntarios. Este esfuerzo recibió el apoyo de los hermanos Fagoaga, ricos mineros novohispanos, y del padre Servando Teresa de Mier. La expedición fracasó, y Mina fue fusilado cerca de Silao, en noviembre de 1817. Sin embargo, en Nueva España se acrecentaba el anhelo de independencia.
6. La unión de voluntades
El plan de independencia de Agustín de Iturbide respondía a las condiciones en que se encontraba Nueva España en 1820. Recogía las aspiraciones de muy diversos grupos y las propuestas emancipadoras de distintos momentos. De los criollos del Ayuntamiento de 1808 tomaba la idea de una Junta o Congreso Americano representante de Fernando VII y el principio de la soberanía popular; del movimiento de Hidalgo y Allende asumía la abolición de la esclavitud, la defensa de la religión y de los intereses criollos; de las ideas de Morelos, la igualdad de todos ante la ley, el guadalupanismo del Siervo de la Nación y la necesidad de una constitución propia. Con Mina y los liberales compartía la fe en el régimen constitucional y la unión necesaria entre españoles peninsulares y americanos para lograr la emancipación. Otorgaba a las castas con sangre negra la ciudadanía que les negaba la Constitución de Cádiz. Con su propuesta aglutinó a participantes de todas las etapas de la lucha, por ejemplo, a Francisco Azcárate (1808), Miguel Domínguez (1810), Ignacio y Ramón López Rayón (1811), Vicente Guerrero, Guadalupe Victoria, Andrés Quintana Roo, Nicolás Bravo, Manuel Mier y Terán (1811-1819), Jean Aragó y David Bradburn (1817), también a realistas como Anastasio Bustamante y Manuel Gómez Pedraza.